Trang mạng của Hiệp hội Bơi lội của Úc nghi ngờ bị tấn công DDoS sau khi Mack Horton (huy chương vàng 400m tự do) chỉ trích Sun Yang (Tôn Dương, huy chương bạc 400m tự do) là đã dùng thuốc cấm.[5] Kitty Chiller, người lãnh đạo phái đoàn Thế vận hội Úc cho là Horton có quyền phát biểu ý kiến và nói những gì làm phật lòng anh ta. Báo Global Times Trung Quốc sau đó đã đăng bài chưởi Úc là nằm ở bìa của nền Văn minh và nhắc tới quá khứ đây là nhà tù hải ngoại của Anh Quốc. Tôn Dương 2 năm trước đã bị cấm thi 3 tháng vì đã dùng thuốc cấm.[6][7]
Tranh cãi tương tự xảy ra khi Yuliya Efimova sau khi thắng vòng bán kết 1, giơ ngón tay chỉ mình là số 1, Lilly King đang chuẩn bị vòng bán kết 2, nhìn trong TV cũng chế nhạo giơ ngón tay lại. Khi được hỏi, cô cho biết: "Bạn đưa ngón tay 'No1' và bạn bị bắt quả tang dùng thuốc cấm... Tôi không ủng hộ".[8] Tại cuộc phỏng vấn báo chí, King, khi đạt huy chương vàng 100m ếch, tuyên bố: "Đây là một chiến thằng của thể thao trong sạch, nó cho thấy là bạn có thể thăng mặc dù bạn thi đấu trong sạch trong suốt cả cuộc đời.". Efimova về hạng nhì ngồi ở cuối bàn thay vì bên cạnh King. Efimova, 3 năm trước đã bị cấm 16 tháng vì dùng thuốc cấm và đầu năm 2016 lại bị cấm lần nữa sau khi thử nghiệm dương tính là đã dùng meldonium, loại thuốc mà Maria Sharapova đã dùng và bị cấm thi đấu tennis 2 năm. Nhưng giữa tháng 7, Hiệp hội Bơi lội Quốc tế (FINA) đã chấp thuận đơn phản đối của cô về lệnh cấm này.[9] Efimova trở thành mục tiêu của một cuộc phản đối. Không có bữa đua nào mà cô không bị huýt sáo phản đối, không có cuộc phỏng vấn nào mà không hỏi về quyền cô được tham dự tại Rio. Cuộc phản đối không chỉ được thực hiện đối với những VĐV lạm dụng thuốc, nó cũng là một cuộc phản đối chống lại một hệ thống, mà không lợi dụng cơ hội, để đưa ra những quy luật và hình phạt rõ ràng để giữ cho thể thao được trong sạch.[10]
Ryan Lochte, 12 huy chương thế vận hội, và 3 VĐV bơi lội Mỹ khác Gunnar Bentz, Jack Conger und Jimmy Feigen khai là họ bị cướp giả dạng làm cảnh sát lấy mất tiền của.[11]. Cảnh sát Brasil nghi ngờ việc này và đã tạm giam Gunnar Bentz và Jack Conger, lúc đó đang ngồi trên máy bay sắp bay về Mỹ. Sau 3 tiếng đồng hồ, họ thú nhận là đã bịa chuyện. Chuyện lộ ra là nhờ một máy quay phim kiểm soát đã quay cảnh cả bốn người trở về làng Olympia lành lặn lúc 7 giờ sáng vẫn còn điện thoại di động và đồng hồ. Trên thực tế họ đã say xỉn, tiểu bậy trên tường một trạm xăng và đá vào một cửa nhà xí, và đã phải trả tiền bồi thường khi một nhân viên an ninh móc súng dọa. Chuyện này có bằng chứng từ một video của cây xăng, theo cảnh sát.[12]
